Los orígenes del nuestro empiezan en 1985, cuando un grupo de padres se dieron a la tarea de enseñar a jugar y practicar fútbol en un predio abandonado del gobierno, ubicado en la urbanización San Ignacio de Río Piedras. En 1986,  Fraigcomar se constituyó por primera vez como una corporación sin fines de lucro y se convierte en un club seriamente establecido y comienza a destacarse en categorías menores.

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Implementamos un sistema para la enseñanza del fútbol mediante el desarrollo de un programa intramural, en donde se forman equipos los cuales compiten todo el año. A raíz del éxito de las categorías menores,  y gracias a su programa intramural, Fraigcomar comienza a incursionar en las categorías juveniles y superiores y se forman equipos con los mejores jugadores del intramural para representar a Fraigcomar en competencias federativas.

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Para mediados de los 90, Fraigcomar se ha convertido en una potencia futbolística en categorías menores.  En 1993, Fraigcomar presenta su primer equipo superior, el cual comienza a participar en los torneos de la Federación Puertorriqueña de Fútbol. Acto seguido, se crea el programa de fútbol femenino, el cual se ha convertido en el más importante de Puerto Rico.

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A finales de los 90 se comienzan a hacer remodelaciones a la planta física y se traen entrenadores de nivel internacional para impartir clínicas y seminarios a jugadores, entrenadores y árbitros. Algunos, incluso, han sido posteriormente contratados por la Federación Puertorriqueña de Fútbol para dirigir la Selección Nacional.

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Actualmente, Fraigcomar es el club de fútbol más grande del Caribe, con una matrícula que promedia los 700 jugadores y alrededor de 10 categorías tanto masculinas como femeninas.

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Durante los ultimos años, Fraigcomar ha participado en varios torneos de gran nivel disputados en Italia, Argentina, Costa Rica y Estados Unidos. El club participa en alrededor de 10 a 12 torneos anuales en los cuales realza su capacidad futbolística en todas las categorías a nivel local.